南山区是深圳最早完成农村城市化的地方之一。1992年特区推行农村城市化，原有村落一次性改为居委会，村民转为城市居民；时至今日，全区已无行政村，仅留存"村改居"形成的社区。社区之下，沉淀着跨越千年的聚落历史：有的溯源至东晋郡县建置，有的由宋元移民开基，也有明清客家迁徙、疍家渔民上岸后形成的村落。按建村年代先后整理，最早可追溯至东晋，最晚立村迟至二十世纪中叶。
一、九街村（南头街道），东晋咸和六年（331年）筑城设县，村落成型年代待考
九街村得名于南头古城内的九条街巷。东晋咸和六年，朝廷于此修筑东官郡城与宝安县城，此为城池建制之年，村落是否同期成型，尚缺直接史料。此后千余年，这里长期是珠江口东岸的行政中心。明洪武二十七年，广州左卫千户崔皓在原址修建东莞守御千户所城，现存城垣主体即为明代所城遗存。万历元年设立新安县，县治也设在此地。古城内保留信国公文氏祠、东莞会馆、育婴堂等古迹，村落至今仍有人居住，城墙根下延续着市井烟火。
二、关口村（南头街道），宋代（始建年代待方志复核）
村名源于古宝安县城的水陆关口。村内核心古迹为汪刘二公祠，用以纪念指挥屯门海战、抗击葡萄牙舰队的汪鋐，以及奏请设立新安县的刘稳。祠堂现存主体建于明万历元年，为市级文物保护单位。村中另有玄武古庙，又称三圣宫，属区级文保，现存建筑为清代重修；还有一座北帝庙，建于清代。县城、关口、祠堂、庙宇聚集一处，是南头城外保存相对完整的旧聚落场景。
三、南园村（南山街道），约宋元之际（具体年代待方志核证）
南园村的聚落历史，村中历来有"近千年"的说法。村中吴氏宗祠营建跨元、明、清数代，为区级文物保护单位；旁侧解元祠始建于明万历七年，为纪念本村文解元吴国光而建，2013年重修。村北头西街生长着一株六百余年古榕，高十四米、冠幅直径四十一米，获评深圳市"树王"。如今南园已是城中村，老祠堂、古榕树与高密度民居共处，往来行人从古榕下穿行，是南山烟火气很浓的一处旧村。
四、大冲村（粤海街道），宋末元初
大冲旧称"大涌"，建村史可追溯至宋末元初，距今七百余年。古村由大涌、阮屋、吴屋几片组合而成：阮屋为明代阮氏所建，吴屋是清代吴氏迁入后形成，各姓氏落籍时间并不相同。村内原有大王古庙等旧迹。2002年旧改启动，2014年前后村民陆续回迁，老村原址建起华润城与万象天地。旧日村道如今是繁华商圈，唯有"大冲"一名还留在地铁站名里。
五、光前村（桃源街道），明初
光前村郑氏先祖郑东皋，明初由南头郑氏仁祖房迁至此地。村名几经变更，最初写作庵前，后作冈前，最终雅化为光前。村内席帽岭宋墓为区级文物保护单位，坐落于光前村西区，年代定在宋代，属墓葬年代，不等于村落始建年代。另有光前炮楼，以及荔枝园内的郑有富合葬墓。宋墓、清代炮楼与现代住宅小区比邻共存，是这片土地层累下来的结果。
六、新围村（西丽街道），明永乐年间
新围立村始祖为刘原广，明永乐年间迁来此地，修建围屋，村子由此得名新围。村内刘氏宗祠大约建于清咸丰年间，祠内留存咸丰四年碑记。如今新围社区包含新围、官龙、九祥岭、留仙洞多个自然村，这是后世的行政划分，并非自古一体。村内保留部分老讲究，除夕的"大吉水"、正月初一不洗头，代代相传，是宗族生活留下的印子。
七、珠光村（桃源街道），明正统末年
珠光村开基祖郑有贵，于明正统末年前后从光前村迁居珠冈头。此地原名猪冈头，因山冈地貌得名，后世取谐音雅化为珠光。村内留存一座炮楼，位于新屋村中区；红花岭西南坡尚有郑有贵家族墓。地名雅化的例子在深圳并不少见，难得的是珠光同时留下炮楼与祖墓，实物与地名沿革能相互印证。
八、平山村（桃源街道），明代中期
平山村大致形成于明代中期，方氏一族自东莞河田迁来，至今五百余年。上世纪九十年代末村落原地更新，采取留、改、拆结合的方式，没有整体推平，宗祠、炮楼、天井与传统老屋都做了修旧如旧的微改造，古巷格局得以保存。它并非完整保留的明代古村，部分建筑经过修复，但在高密度城区里，算得上保留历史肌理的一个样本。
九、塘朗村（桃源街道），明代
塘朗村因背靠塘朗山得名，明代开基，郑氏族人源自南头郑南莆长子郑仁一脉。村内有一处女祠，清代建筑，区级文物保护单位，地址在塘朗村十三号；此外还有郑氏宗祠、悦富郑公祠。传统宗族祠堂多奉男性先祖，塘朗这处奉祀对象的不同，为观察宗族祭祀提供了另一件实物。村子紧邻大学城，古祠堂与新校区只隔一条路。
十、仓前村（南头街道），明代
仓前村得名源于盐仓，聚落形成于明代，最早定居者为雷、陶两姓，雷氏世代以晒盐为生。如今很少有人把这片土地与盐业联系起来，"仓前"一名便是当年盐业留下的文字见证。村内华光古庙分别于1992年、2004年两次重建，原有古建形制已不存。1999至2002年老村整体拆除，原址修建锦福苑、国兴苑。这座以盐仓为名的村子，最终消失在离海岸越来越远的城区里。
十一、海湾村（蛇口街道），明代
海湾村坐落于蛇口后海湾畔，是有着约五百年历史的蚝业村落。村民世代靠海为生，插竹标海、投石养蚝，在滩涂上经营生计。上世纪七十年代末，村落年产鲜蚝仍可达二十吨。伴随海湾一带填海，渔业生产逐步退场，蚝田变成了楼盘与道路。至今村内仍有少量人家延续着与蚝相关的营生。
十二、后海村（粤海街道），明代（天后古庙始建年代，村落建村年代待核）
后海天后古庙始建于明代，为区级文物保护单位。庙内保存清乾隆三十七年《蒙杨大老爷示禁碑》，碑文记载沙井蚝民运蚝至后海放养的往事，那年是1772年。旧时后海为滨海渔村，村民养殖、捕鱼，奉祀天后。古村本体现已不存，原址开发为深圳湾一带的写字楼与住宅群，古庙点位保留下来，旧庙宇直面成片现代楼宇。
十三、茶光村（西丽街道），明末
茶光村明末立村，关姓先祖到此开基。原名茶岗，因山岗设有茶寮，供途经行人歇脚饮茶。1956年前后村民迁建新村，开始种茶；1992年城市化时，村名谐音改为茶光。村南大沙河畔的叠石山遗址，是青铜时代山岗遗址，区级文物保护单位，年代通常定在战国。这片土地的明清旧屋之下，还压着两千多年前先民活动的痕迹。
十四、渔一村（蛇口街道），明末清初
渔一村由疍户上岸定居形成。明末清初，南海、番禺、中山一带的水上疍民在这一带水域栖息，逐步上岸立村。旧时疍民常年舟居，上岸建村是他们生活中的一大转折。村内保留着与舟居、上岸相关的记忆。渔一是蛇口几个渔业村落之一，邻村渔二村立村时间更晚。海早已退远，村名里的"渔"字却留了下来。
十五、常兴村（南头街道），清顺治年间
常兴一名源自村内一间商铺。清顺治年间，郑日晃携两个弟弟由南头涌下乡迁居福源，开设名为"常兴"的店铺，村名由此而来，曾用名福源村、常兴围。2004年老村旧改拆除，原址兴建常兴广场，部分村民回迁。老屋虽不复存在，民俗仍延续着：清明祭祖盆菜、年糕、煎堆、萝卜粿，还有家酿的黄酒。
十六、一甲村（南头街道），清代
一甲村旧名第一甲，地名被认为与明代里甲户籍制度有关。明代以一百一十户为一里，其余百户分为十甲，不过"第一甲"是否即指某里的第一甲，尚缺甲册、地籍等档案印证。村落清代立村，早期定居者为池、戴两姓，后续黄、陈迁入；1959年修建西丽水库，梁、林两姓迁入安置。村内留存一百余座广府传统民居、黄氏宗祠与一座民国碉楼。2023年，一甲连同周边片区申报更新单元，改造方案尚在推进，老村后续状态待定。
十七、白石洲村（沙河街道），清乾隆六十年（1795年）
白石洲建村于清乾隆六十年，村前有沙洲，后山遍布白色花岗岩，村名由此而来。它属于"沙河五村"之一，五村包含上白石、下白石、白石洲、新塘、塘头。1959年，佛山专区农垦局在此组建沙河农场，村民携土地农具入农场；农场几经变迁，后来划出土地设立华侨城。这里是很多异乡人落脚的起点，旧改启动之后，古旧街巷陆续拆除。
十八、麻磡村（西丽街道），清嘉庆年间
麻磡地处羊台山西南、西丽水库上游，清嘉庆年间开基，张氏族人由白芒迁来，是客家山地聚落。村内最突出的遗存是四座炮楼，祝三多炮楼、集安楼炮楼都还在；另有一处天主教堂遗址，可见当年的山地村落并非封闭。全村老屋、碉楼合计三百余间。因地处水源保护区，开发建设长期受限，老村的风貌反倒留了下来。
十九、东湾村（蛇口街道），清嘉庆年间
东湾村旧名伶仃村，坐落于内伶仃岛东部，清嘉庆年间形成聚落，居民以珠江口渔民为主，在岛上避风、垦殖、过日子。内伶仃岛即文天祥诗句"零丁洋里叹零丁"所指的零丁山，康熙《新安县志》有相关记载。1952年起村民分批迁出，部分人曾短暂回迁，1979年全部搬迁至蛇口陆地，后裔多安置于渔一村。如今岛屿划为自然保护区，岛上残存少量旧村屋，少有人到访。
二十、大铲村（蛇口街道），清代
大铲村早年坐落于珠江口大铲岛，岛屿外形如铲而得名。清光绪二十五年，也就是1899年，清政府在岛上设立海关，稽查珠江口民船，留存有"九龙新关大铲厂界"石碑。村民以捕鱼、养蚝为生。1979年起，岛上渔民陆续搬迁至蛇口陆地居住，大铲村自此转为陆地上的社区，岛屿保留原有地貌，不再有常住村民。
二十一、留仙洞村（西丽街道），清代
留仙洞郑氏先祖清代自东莞凤岗迁至宝安石岩，再定居此地，属客家村落。村名流传着一则故事：相传有女子日日前来购买灯油，随即隐入竹林，村民以为遇仙，便修了龙母古庙，"留仙洞"之名由此而来。这属于民间传说，不作为建村史料。村内留存约二十五座客家传统民居、一口六角古井，以及一座1947年的土地庙。如今这片区域规划建设留仙洞总部基地，高楼陆续建成。
二十二、粤海门村（粤海街道），清代（具体年代待核）
粤海门旧地名麻沥窝，清代已有先民在此聚居，上世纪三十年代末聚落毁于战火。1948年，张、江两姓共五户人家自观澜、龙华迁回重建村落。村子临近深圳湾，取粤海门户之意，更名粤海门。粤海街道定名时参考了此村。昔日的小村落，如今四周是科技园、深圳大学与后海总部集群。
二十三、向南村（南山街道），清代
向南村传承至今最鲜活的，是侯王诞。这项祭祀已有三百余年历史，列入市级非物质文化遗产。每逢诞期，醒狮队伍自侯王古庙出发，巡游至郑氏宗祠，香港的同宗族人也会返乡参与。古庙、宗祠与巡游路线，几百年来大致未变。关于侯王的身份说法不一，一说明末陈姓人物，尚无定论，这份未定性，倒让祭祀始终带着活态的质感。
二十四、渔二村（蛇口街道），1952年
渔二村先民多为海丰籍渔民，1926年前后陆续上岸搭草棚栖身，正式立村则是在1952年的渔业改造，政府推动渔民集中定居、分配宅基地。1961年，原蛇口二大队改称渔业二大队，"渔二"一名就此确定。村民日常讲海丰话，属闽南语系，与周边的粤语、客家话都不相同，是一处方言孤岛。村中传承的开丁节，属深圳岁时节令类民俗。
二十五、福光村（桃源街道），建村年代待考
福光村由上面冈、福林、杨屋等多个小村落合并而成，福林原名三坑村，1992年由"上面冈"改名为福光。村内留存一座炮楼，位于南方科技大学校区内；村东北小学后山的荔枝园里，存有郑氏家族墓。村旁的屋背岭，2001至2002年发掘出商时期墓葬八十一座、陶器一百五十五件，是岭南规模较大的商时期墓葬群，2022年列为省级文物保护单位。屋背岭属于先秦考古遗存，其年代不能等同于福光村落的建村年代，但考古发现与古炮楼、家族墓叠在一起，仍能勾勒出这片土地漫长的人居脉络。
