广州市南沙区是广州最年轻的行政区，2005年才设立，但人在这片土地上的活动要早得多。区域东部原本是珠江口古海湾里的一串岛丘，西部与南部则由泥沙长年淤积，经世代围垦而成沙田。地理不同，村子的来路也就不同：山边和岛丘上的老村，多是宋元以来宗族南迁落脚，祠堂、古井、庙宇成体系；沙田上的村落依围垦而生，村名里常带围、涌、沙、顷这类字。近代又叠加上华侨农场与渔民上岸，形成一批带着时代印记的聚落。全区一百二十八个行政村、四十个社区，地名像一本摊开的册子，记着这片地从海到田、从田到城的过程。下面这十五个，是其中来路比较清楚的。
一、九王庙村（港湾街道）：宋代。村名来自村里的九王古庙，庙中清乾隆四十六年所立的《重修九王庙小引碑》，开篇便写着"建自宋人，名垂邑乘"。九王不是传统神明，相传是九位在龙舟竞渡中遇难的本地青年，乡人立庙奉祀，九尊神像按龙舟上的位置各司其职，封号有司旗大王、打鼓大王、打锣大王、掌橹大王等。因划龙舟而成神的信仰，在国内较为少见。这块乾隆碑上还留有广州地区关于划龙舟的较早文字记录。原庙后来因修建虎门大桥被拆除，现庙异地迁建至东井村，旧石刻妥善保存。每年农历五月初七九王诞，周边乡民仍会赛龙舟。
二、莲溪村（黄阁镇）：南宋。相传南宋时麦氏先祖兄弟五人为避祸携家南迁，到此开辟村落，初名莲塘坊，因建村时荷塘盛开，后人取溪水绵长之意，改名莲溪。村中麦、陈两姓聚居，背靠鸡谷山与麦屋山，与邻近几村合称"三村依三山"。莲溪是省级传统村落，村内保留着莲溪牌坊、麦氏大宗祠，以及古井、社公坛、坊门和风水塘。黄阁麒麟舞在这里传承数代，2006年列入广东省第一批省级非物质文化遗产，村中瑞辉麦公祠内还设有麒麟文化展示馆，陈列着麒麟头纸工艺与锣鼓乐器。
三、塘坑村（港湾街道）：元代至正年间。相传元代至正年间，朱文庆自南雄珠玑巷南迁，在蕉门水道冲积出的围田上开基，明代中期黎氏迁入，聚落逐步成型。村中的塘坑天后古庙，是南沙现存规模最大、年代较早的天后庙，主体建筑始建于明代，清乾隆十二年、嘉庆三年两度重修，占地约一百九十五平方米。以古庙为核心的历史街区，留存着五座庙宇、九座祠堂、一处书塾和五口古井。塘坑列入第三批广东省古村落，村内还有明德学堂，是南沙早期的学堂之一。
四、鹿颈村（南沙街道）：明正德五年。村落始建于明正德五年，因村后山势蜿蜒形似鹿颈得名，旧称鹿颈寨，明清至民国隶属于东莞县。村东的先秦遗址年代则要早得多，地层涵盖新石器时代晚期、商、唐宋、明清四期。2001年，考古人员在这里清理出一座土坑墓，墓中遗存一具保存完好的男性骨架，长1.65米，生前身高约1.70米，死亡年龄约四十五岁，是广州目前发现年代最早、保存最完整的人类骨架，复原后被命名为"南沙人"。村内的大角山炮台与蒲洲炮台，如今是全国重点文物保护单位。
五、龙穴社区（龙穴街道）：明代。明代《东莞县志》里有一句"龙穴洲在县南大海中，有龙出没其间，故名"，是"龙穴"较早的文献出处。古时这片海面常出现海市蜃楼，古人称之为"靖康海市""龙穴楼台"，后来衍生出龙王居所的种种传说。岛上铜鼓山分布着多处海蚀洞穴，名称都带着民间神话色彩。建国前，这里曾是东莞明伦堂的示范农场，几经更名，1978年并入珠江华侨农场，1992年划归万顷沙镇，2011年龙穴街道正式设立。如今岛上船厂云集，聚居着大量造船从业者。
六、岭东村（大岗镇）：明万历年间。冯氏始祖冯宗礼（号乐乎）于明万历年间从顺德迁来，育有四子，宗族由此分为四房，村中于是有了长房祠、二房祠、四房祠等一组祠堂。四房祠又称焕章祠，纪念冯家第四子，清初始建，咸丰六年重修，三间两进，建筑面积一百六十余平方米，2018年列入广州市历史建筑。四座冯氏祠堂连同岭东谢家祠，在2025年一同列入南沙区登记保护文物单位。村北十八罗汉山顶，还留存着清代的"十八罗汉石"。一族分房各建祠堂，宗族分支的脉络在村里看得清清楚楚。
七、冯马三村（横沥镇）：约三百多年前的清代前期。横沥共有三座以"冯马"为名的村落，冯马三村历史最长，旧名冯马庙。"冯马"一名，相传是为纪念两位治水的人，但确切事迹已难考证。早年三村本为一体，1950年依托冯马庙设立冯马乡，1958年拆分三个大队，一乡于是析为三村。这一带地名带着鲜明的沙田特征，大澳围、中粉围，还有黄七顷街、黎十顷街、关九顷街，"顷"是旧时计量土地的单位，一个名字就对应一块围垦出来的田地。冯、陈、马、梁、黄多姓人家，在此共处数百年。
八、客家村（大岗镇）：清乾隆初年。清乾隆初年，东江一带的客家先民陆续迁入大岗，多半是为开采山岗上的红石而来。大岗红石颜色鲜红、质地坚实，清代修建学宫、祠堂、庙宇乃至官衙，常先以它奠基，取"鸿基永固"之意。采石行业衰落之后，石匠们就地定居，慢慢成村，当地至今流传"先有客家，后有大岗"。走进村里会发现，这里既没有大型宗族祠堂，也没有客家围屋，村委会旁的围墙上嵌着一块"公义祠"石楣，镌刻着"光绪十五年孟秋"。过去村民多以打石磨为生，是当地一门特色手艺。
九、乌洲村（黄阁镇）：清乾隆年间。乌洲原本是江边一座小洲，泥沙长年淤积后化为田地，村名来源有两种说法，一说是洲上多乌鸦栖息，一说是泥土乌黑。村内分乌洲东、三益围、显南围几片。2014年，因南沙开发，乌洲村整体征地拆迁，土地全部转为国有，辖区从此再无农业，原村址上建起了广汽丰田三期厂房，村民统一安置到麒麟新城。一个存续两百余年的村落，原址就这样退了出去，只剩几个旧围名，还留在本地老人的口述记忆里。
十、亭角村（南沙街道）：清乾隆八年。村落由大井张氏开基，古名"乐郊"。村口的乐郊门楼大约建成于1803年，据碑文记载，由族人牵头、邻里共同捐资修建。门楼面阔五米有余，青砖砌筑，一楼与阁楼四面都开着倒喇叭形的枪眼和瞭望口，门框上还留存着栅栏构件，白天作村口通道，夜里供打更值守，遇险便成了可以防守的炮楼。旧时沿海海盗侵扰频繁，门楼正是为此而建。门额上"乐郊"二字是初建时留下的原始构件，这座门楼也是南沙街道现存唯一的一座古门楼。
十一、民立村（万顷沙镇）：清道光年间。万顷沙南面的三民岛由民建、民兴、民立三村组成，民立是岛上成陆较早的聚落，清道光年间便有外来先民到此围垦，初名八顷围。那时的情形，民间用"水流柴、百家姓"来形容，最早是一部分海上渔民挂网投耕，后来周边贫苦农户陆续来此开荒，姓氏杂得很，并非一族一姓开辟出来的。"民立"这个名字确定于1953年，取为民建立家园之意，民建、民兴同样寄托着美好愿景，三村合称三民岛。此后民国时期与1972年，又陆续围出十六顷、同安围、团结围。
十二、沙螺湾村（南沙街道）：清同治年间。俯瞰村落地形，形似一只沙螺，便得了沙螺湾这个名字。此地原本是蕉门水道与大虎内海之间的滩涂，经潮汐冲积慢慢成为耕地，清同治年间周边乡民先后来围垦定居，于是留下丰围、上围、下围、新围一串围名。村口立着石敢当，旁边配祀石神、社官爷和社夫人，旧时村中有采石场，供石敢当与生计有关。村内观音庙始建于1925年，原称"庙仔"，由乡民梁力筹建，后世村民感念他护佑乡邻的事迹，在庙中为他设了牌位纪念。
十三、湴湄村（榄核镇）：建村年代无明确文献记载。这个村名，恐怕不少广州人第一眼都读不出来。"湴"指深厚的烂泥，"湄"与水边、岸边相关，合起来意思很实在，从前村里池塘多，泥又深又烂，便得了这么个名字。湴湄是南沙公布的传统村落之一，它不像黄阁那几村有牌坊、有宗祠，价值恰恰藏在这种沙田地貌的名字里：泥深说明地势低洼，村落与池塘、排灌之间的关系，从村名就能看出来。至于哪一年开村，公开资料中并没有留下记载。
十四、大稳村（东涌镇）：建村年代无明确文献记载。村子旧名大云。村里有几条天然河涌，弯弯曲曲，从高处俯瞰像一朵朵祥云，于是分别叫大云涌、二云涌、三云涌，沿涌两岸聚起来的村落便合称大云村。后来在粤语口音里，"云"渐渐被读成了"稳"，又正好取个根基稳固、日子安稳的意思，村名就这样定了下来。这里是东涌疍家文化比较集中的地方，河涌、埠头、疍家艇还看得到旧时水网的影子。大云村究竟起于哪一年，暂无史料确证。
十五、马克村（东涌镇）：建村年代无明确文献记载。不少人第一次听到这个村名，会以为是哪个洋气的音译词，其实它的来历很朴素。村里原有马沙、克沙两个自然村，各取一字，就成了"马克"，旧时此地还叫过滘尾。何、郭等姓人家聚居于此，但开村在何年何月，族谱与方志里都没有留下明确说法，只能存疑。如今村内种起风铃花、办起百果园，是另一番光景，而"马沙""克沙"这两个老地名，才是这片沙田最早的模样。