花垣县地处湘西土家族苗族自治州西部，坐落于腊尔山台地，境内山高谷深，苗族人口占比很高，村寨多聚族而居。此地历史上先后设过夜郎坪、崇山卫、永绥厅，直到1953年才正式定名花垣。军屯戍守、古驿道商路、民族迁徙，造就了山间一座座古寨：有的因驻军兴起，有的依托古道成圩场，有的为避乱迁居深山。全县列入中国传统村落名录的村寨达三十处，数量居湖南各县前列。下文按建村年代先后，介绍三十个留有历史印记的古村。
一、磨老村（边城镇）：商周时期
村子坐落在清水江中游东岸冲积台地上，江心即为湖南与贵州两省分界，过江便属贵州松桃，素有一脚踏两省之说。考古工作者在村域周边发现商周、战国、汉至宋元明清多个时期的遗址、窑址、古墓葬与崖墓遗存。村内龙家大院建于清嘉庆年间，为二进四合院，占地一千七百多平方米，相传龙氏先祖自吉卫老卫城迁来。江边猴儿跳崖壁上的仙人洞，是花垣境内现存唯一一处崖墓。2012年，该村列入第一批中国传统村落。
二、卫城村（吉卫镇）：南宋
村旁老卫城遗址，考古推断始建于南宋，是湘西北苗疆腹地少见的古代卫城。明洪武元年，辰州卫指挥刘寅在此修筑卫署，曾驻重兵。城池为夯土构筑，周长两千余米，占地约三十五万平方米，东、西、北三面仍可见人工修筑的城壕遗迹。当地流传着守军撤城的传说：因地处苗疆腹地、粮草转运艰难，守军以羊蹄绑鼓、饿马系铃制造城中仍有驻军的假象，趁夜色悄然撤离。2011年，老卫城遗址列为省级文物保护单位。
三、夜郎坪村（吉卫镇）：宋元
该村旧名腊乙，为苗语地名。苗语语序有倒装习惯，读音近似汉语"夜郎"，后世逐渐演变为夜郎坪。元明时期，此地为崇山卫辖境，地名载入官方文书。1956年制定全国苗文方案时，东部方言的标准音就取自腊乙村的苗语，一个村寨的口音成了民族语言的标准音。吉卫与补抽交界的崇山（今望高岭）山下留存崇山卫旧址，地表随处可见残砖碎瓦，当地石姓苗族世代口传为驩兜后裔。
四、子腊村（石栏镇）：宋末元初
建村距今六百余年，苗语"子腊"意为"来晚了"。相传宋末元初，麻氏兄弟自崇山跋涉七日抵达此地，远望山间雾气缭绕，误以为早有先民定居，感叹来晚，走近才发现只是沼泽升腾的水雾。这里出产的子腊贡米，明清时期曾进贡宫廷。清末贡生麻阅芜写下《子腊贡米序》，留下"可遇满斗金，难得子腊米"的记载。先民改造沼泽造田，将大树砍伐铺垫于淤泥之上，再覆盖砂土，树木腐朽后化为天然肥料，造就肥沃稻田。
五、扪岱村（雅酉镇）：元代以前
苗语中"扪"意为大，"岱"意为宽厚。这里是苗族隆姓发祥地，也是远近闻名的石头村寨，石屋、石墙、石板路遍布全村，村寨三面临水，形似半岛。村内留存明清至民国时期老建筑，阳光透过树荫洒在石墙上，光影斑驳。村中有一株树龄约四百年的鹅掌楸，获评湘西树王。2019年，扪岱村列入第五批中国传统村落。
六、岩锣村（双龙镇）：明代
旧时为连通湖南与四川的古官道上的大型苗寨，历史上出过不少大户人家。村内尚存青砖墙、青石古道与古匾额。石家老宅建于清代中期，坐东朝西，占地两百多平方米，为州级文物保护单位。宅院墙体所用压模花砖，在苗族聚居区域十分少见，是研究苗族传统建筑的实物遗存。从吉茶高速德夯出口往花垣方向行驶约五公里即可抵达。
七、雅桥村（石栏镇）：明清
村内油麻古堡寨保存完整，遗存包含古寨墙、老宅、土地堂、古道、窖藏、石刻与石井，是州级文物保护单位。村寨依山而建，连片木屋错落排布，青瓦石巷相映。村子距县城二十八公里，2019年列入第五批中国传统村落。
八、五龙村（麻栗场镇）：明清
村后黄土坡古城堡依山修筑，占地约二十五万平方米，青石砌筑，城墙、关卡、哨卡、碉楼、营房、战壕、水井、古道遗迹保存尚好。古时崇山卫通往永绥、迁陵、茶峒的官道从此经过。山下五龙冲，铁罗关、神仙关、狮子关、蛤蟆关、吕岗关五道关口分列悬崖峭壁之上，地势极为险峻。
九、德胜村（雅酉镇）：明清
此地古名排达扣，今属德胜村。境内排达扣古堡寨为明清遗存，另有一处溶洞，为清代苗民起义时期的义军指挥部，两处均为州级文物保护单位。排达扣坐落于群山环抱的小盆地，是旧时花垣去往凤凰的必经要道，地形易守难攻。村东仁登山海拔八百余米，分布大片丹霞石海，红石铺满山岗。
十、狮子桥村（花垣镇）：明清
地处县城近郊，留存三溪口屯堡、三溪口古驿道、三溪口石拱桥三处古迹。屯堡为圆形干打垒建筑，占地一千六百平方米，北侧残存围墙高两米有余，台地之上曾设置炮台。古驿道山石铺就，宽一点五至一点九米，现存两千九百余米，据《永绥厅志》记载，嘉庆二年此处道路成为连接花园与跃马卡的军事通道。青石单拱石拱桥长四点二五米，宽三点三米。三处遗存均为州级文物保护单位。
十一、大夯来村（吉卫镇）：明清
村寨平均海拔七百八十米，木屋多有数百年历史，搭配石板路、石砌院墙，村前清溪流淌，屋后古树环绕，是典型的传统苗寨。2019年列入第五批中国传统村落，2021年入选第六批湖南省历史文化名村。
十二、大兴村（石栏镇）：明末清初
村寨始建于明末清初，先祖自江西迁徙而来，最初定居于"各机摆"，因水源匮乏，迁居至水源充足的大兴村。村寨背靠黄土坡，三面环山，灌溉水渠穿寨而过。村内绝大多数建筑为苗族传统吞口屋，选址讲究负阴抱阳。2019年列入第五批中国传统村落。
十三、排碧板栗村（双龙镇）：明末清初
村内最早民居可追溯至明末清初，现存建筑多为清代、民国遗存。片石铺就小巷，木雕、石雕、砖雕工艺齐全，古井、古寨门保存完好。此地拥有两项知名印记：全球寒武系"金钉子"确立于排碧区域，国际地层表中由此诞生"排碧阶"；全村一千四百余人中，有十一位各级非遗传承人，赶秋、绺巾舞、椎牛祭、苗歌、蜡染、苗医、巴代等民俗技艺代代相传。2012年列入第一批中国传统村落。
十四、米沟村（补抽乡）：清雍正年间
旧时吉卫驻军所需粮草，由峒河逆水运抵此地囤放，再由挑夫、马帮沿陡坡转运上山，这里一度成为物资囤积之处。此地形成连通乾城与贵州的古道，自吉首大兴寨出发，经大坳、米沟，再过水洋、葫芦、螺丝董进入贵州，往来挑夫、商旅在此歇脚，是古道上重要的落脚点。
十五、金牛村（麻栗场镇）：清乾隆年间
苗拳蚩尤拳于清乾隆年间传入本村，传承两百余年。村中习武之风兴盛，历代出过不少拳师，1941年永绥县举行武术比赛，村民张才以祖传枪术夺得第一。农闲时节，村中仍有村民练习苗拳、竹条镖等传统武艺。
十六、土屯村（民乐镇）：清嘉庆年间
村名中的"屯"源自清代屯政。嘉庆年间，傅鼐在苗疆推行均屯田制度，永绥厅部分区域实行屯田，屯政延续百余年，诸多带"屯"字的地名由此留存。民乐旧称弭诺，苗语称米糯，因盛产九月糯得名，当地锰矿资源丰富，有东方锰都之称。2019年，土屯村列入第五批中国传统村落。
十七、坡脚村（雅酉镇）：清代
这里是峒河的源头，2015年吉首市开展河道溯源调查，确认全长一百五十公里的峒河，源头位于村内苗语名为"比柳"的泉眼处，石壁刻有"峒河源"标识。村内黄瓜寨是清代乾隆末年苗民起义策源地，石三保诞生于此。寨子坐落在海拔一千一百三十四米的黄瓜山中，三面临崖，《永绥厅志》记载此地"寨当山河，形似黄瓜"，寨口丹霞巨石相传为旧时点将台。
十八、螺蛳董村（吉卫镇）：清代
村中留存螺蛳董青石城墙，沿墥修筑，配套碉楼与哨卡。境内莲花山海拔一千一百九十七米，是吉卫镇最高峰，山奇水秀。这一带地处腊尔山台地，平均海拔八百多米，村与村之间隔着一道道山梁，梯田层叠，木屋散落于山坳之间。
十九、跃马卡村（长乐乡）：清代
村名由来有两种说法：一是相传古时一名官吏飞马传信，坐骑被阻于村中长长的石板隘路；二是清代推行"五里一碉、十里一卡"的苗疆防御体系，这处关卡设置在跃马一地，得名跃马卡。汛堡海拔六百七十六米，椭圆形青砖干打垒建筑，配套跃马碉楼，遗存属于湘西边墙体系。
二十、潮水村（民乐镇）：清代
村后峡谷有潮水泉，每日早、午、晚三次涌潮，涌潮时水柱喷涌，水量大幅提升，持续一两个小时后回落。泉水还可预示天气变化，涌潮时间、时长能够预判晴雨。泉水滋养上潮水、中潮水、下潮水三个苗寨。清水江穿村而过，江心为湘黔省界，两岸各有一处潮水村，渡口依靠渡船往来两岸。
二十一、芷耳村（双龙镇）：清代
苗语名为"吉瓜"，意为石姓聚居之地，湘西、黔东北、渝东不少石姓苗族均尊此地为祖源地。村寨平均海拔七百五十米，有"德夯之母、瀑布之源"的说法，村内绝大多数为苗族传统木屋。清代乡贤石文魁乐善好施，一生捐资修桥铺路，修建桥梁、道路、馆舍众多，周边多地路桥建设均有其捐助。2016年列入第四批中国传统村落。
二十二、紫霞村（花垣镇）：清代
"紫霞"由苗语"子哈"雅化而来，意为三面低矮倾斜坡地。1988年，牛角屯大坝建成蓄水，原来的子哈、老望、大卜要三个苗寨整体搬迁至花民公路沿线，形成紫霞新村。唯有地势较高的蛤蟆寨保留原址，寨内蛤蟆古井常年水量稳定，可供全寨饮用。村内苗歌体系完备，山歌、傩歌、哭嫁歌、椎牛鼓舞歌等各类曲调齐全。2017年列入第五批中国传统村落。
二十三、文笔峰村（麻栗场镇）：建村年代无考
村寨坐落于尖岩山（文笔峰）脚下，原名老寨村，村民大多为苗族。1954年，石成鉴、石成业等人将苗族神话改编为苗剧《团结灭妖》，在麻栗场演出，开启苗剧这一新剧种。石成业观察山间猴子的动作神态，融汇于鼓点，创造出猴儿鼓。猴儿鼓、接龙舞至今仍在村中传承。
二十四、磨子村（石栏镇）：建村年代无考
村寨地处摩天岭下，海拔八百八十米，由五个自然寨组成，是典型苗族聚居村寨。村内大量生长南方红豆杉，村口一对"夫妻红豆杉"树龄相传三百年，雄树旁山泉甘甜，雌树每年十月结籽。2019年列入第五批中国传统村落。
二十五、金龙村（双龙镇）：建村年代无考
村寨地处花垣、吉首、保靖三县交界，居于蚩尤大峡谷崖顶，被称作悬崖苗寨。每年樱桃成熟时节，举办苗族樱桃会，是当地青年男女社交盛会。登高可望德夯、蚩尤两大峡谷，木屋、青瓦、菜园、石板路保存完整。2016年列入第四批中国传统村落，为中国少数民族特色村寨。
二十六、岩科村（石栏镇）：建村年代无考
2019年列入第五批中国传统村落。村内民俗保存完整，蚩尤传说、接龙舞、苗族花带、司刀绺巾舞、苗医苗药、苗族赶秋等代代相传。村内发展油茶、百合种植，初冬油茶花开，满山碧叶白花。依托客货邮服务站，村民可就近寄递农特产品。
二十七、谷坡村（长乐乡）：建村年代无考
地处长乐乡南部，与保靖县水田河镇接壤，是纯苗族村寨。过去山高路陡，交通饮水条件较差，近些年修建道路与水利设施，人居条件得到改善。村内保留猴儿鼓、苗戏等民俗，留存成片传统民居，主要种植莓茶、蓝莓，梯田层叠。2019年列入第五批中国传统村落。
二十八、懂哨村（补抽乡）：建村年代无考
村寨由岽桂、娜炯、代各苋三个自然寨沿山势排布，呈品字形格局。代各苋寨子坐落在山梁端头，地势孤悬。村寨临近大龙洞，峡谷纵深，瀑布连绵不绝。黑瓦木屋依坡而建，屋前菜园、屋后竹林，苗寨原生风貌保存完好。2019年列入第五批中国传统村落。
二十九、鼓戎湖村（双龙镇）：建村年代无考
村寨地处武陵山腹地，平均海拔较高，山间存有天然湖沼，周边溶洞成群，洞体相连。高海拔气候造就优质高山蔬菜。云雾漫山之时，山巅如同浮于水面。2019年列入第五批中国传统村落。
三十、各屯村（吉卫镇）：建村年代无考
村名与吉卫一带苗疆屯政历史相关。村内一株榉木入选湘西树王，是花垣六株湘西树王之一。腊尔山台地山梁纵横，村寨散落于山坳，梯田环绕山间，木屋错落。