南京的城市格局有非常鲜明的“古都＋山水”特征。长江从城市中部穿过，紫金山、老山、秦淮河等自然地理要素又进一步切割城市空间，因此南京的建成区并不是简单向四周均匀扩张，而是形成江南主城、江北新主城以及江宁、六合、溧水、高淳等多个组团。最新国土空间总体规划提出构建“多中心、组团式、网络化”的城镇空间格局，市域形成“1个中心城区、3个副城、9个新城”的体系，并明确推动拥江发展。
杭州则呈现出更强烈的“跨江＋外扩＋多中心”特征。传统杭州以西湖和老城为核心，后来城市发展迅速跨过钱塘江，形成钱江新城、滨江、萧山、余杭、钱塘等大片新城区，建成区尺度不断扩大。杭州现行总体规划提出“一核九星、双网融合、三江绿楔”，通过“核心区＋九大板块”构建特大城市空间结构，并强化中心城区与外围新城之间的联系。
因此，从地图上看，南京更像被长江和山水“切割”出来的城市拼图，杭州则像沿钱塘江不断铺开的城市网络。南京的规划重点，是利用山水格局控制城市无序扩张，同时通过江北新主城等组团释放发展空间；杭州则是在超快人口和产业增长背景下，通过跨江发展和多中心布局不断寻找新的城市增长极。
两座城市最大的差异，可以概括成一句话：南京是在山水之间“组织城市”，杭州是在扩张过程中“重新组织城市”。一个更强调空间秩序和生态约束，一个更强调增长、组团与都市圈协同。
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